Sejarah tentang Pusparaja tidak terdokumentasikan dengan baik. Tidak ada yang tahu pasti kapan desa ini berdiri, namun menurut  penuturan dari beberapa tokoh masyarakat diantaranya  bapak Elon Dahlan mantan sekdes bapak Aman  mantan kepala dusun, dan bapak Ibin mantan sekdes, bapak H. Koko,BA mantan kepala Desa, Bapak Edeng Hanapiah mantan ketua LKMD dan beberapa tokoh lainnya dapat  ditelusuri sebagai berikut :

        Awal mula desa ini bernama Maleer, yang berbatasan dengan desa Parung di sebelah utaranya. Konon kedua desa ini sudah terbentuk semenjak sebelum kemerdekaan. 

Kepala desa Maleer yang terkenal pada masa itu adalah Syamsudin, Pada tahun 1943 beliau meninggal sekembalinya lawatan dari kampung puncak suji.

          Kepala Desa lainnya yang cukup lama menerintah adalah, kuwu Karma (kuwu=istilah untuk kepala desa), beliau memerintah selama tiga periode. Pada awal pemerintahannya desa Parung dan desa Maleer di gabung menjadi desa Maleer. Dengan pusat pemeritahan tetap di kampung Maleer, kemudian dalam perjalanannya berganti  nama menjadi Desa Pusparaja.

      Kata Pusparaja berasal dari kata Puspa yang merupakan penggalan nama dari Puspa binang, Yang merupakan leluhur masyarakat setempat sedangkan kata Raja, karena Wilayah ini berada di kaki gunung Raja. Sedangkan gunung raja sendiri merupakan perbukitan yang di yakini sebab petilasan salah satu Raja Galunggung.

Pada tanggal 07 maret 1982, Desa Pusparaja di mekarkan jadi dua desa. Dengan wilayah selatan tetap menjadi Pusparaja. Sedangkan wilayah utara( yang dulunya merupakan wilayah desa parung sebelum di gabung menjadi desa Maleer) di mekarkan dan berganti  nama menjadi Desa  Puspamukti, dengan sungai Cipangarangan sebagai batas wilayah yang memisahkan kedua desa tersebut